Trans-PRK和SMILE有相同也有相異之處，首先，Trans-PRK和SMILE不再像LASIK需製作角膜瓣，兩者都是無角膜瓣的手術方式，所以已無因角膜瓣造成的短期和長期風險。若以雷射切削的位置來看，Trans-PRK雷射切削在角膜表層，而SMILE雷射切削在角膜深層，一般而言，切削在角膜表層的雷射方式較疼痛且視力恢復較慢，但較不影響角膜結構，而切削在角膜深層的雷射方式雖較不疼痛且視力恢復較快，但相對也較有影響角膜結構的疑慮。

本院在Trans-PRK的執行上，因仍有需人為手工介入的部分，故將Trans-PRK透過「全自動導引零接觸近視雷射」(Non-touched Automatic Surface Ablation, NASA)技術的輔助，全程由電腦精準控制定位，提高安全性和精準性，可以避免人為手工的介入；而SMILE因也需要人為手工去對位散光軸和剝離角膜及夾取角膜片，故也是非常有技術挑戰之處，這也是目前第一代SMILE的缺點，雖國外已有第二代SMILE機器，可惜國內目前仍無第二代機器的使用。

至於要選擇Trans-PRK還是SMILE？這種的選擇考量就如同若由台中或高雄要到台北，到底要坐高鐵還是搭飛機？高鐵稍慢但票價較為便宜，而且高鐵幾乎是由電腦操控，較不用考驗駕駛技術；而飛機雖快但票價昂貴且很需要機長高度技巧。Trans-PRK和SMILE之間差異就是如此，Trans-PRK疼痛1-3天，視力完全恢復須7-10天，而SMILE不舒服約1天，視力完全恢復須3-7天。至於費用，Trans-PRK和SMILE相差很多，Trans-PRK相對便宜，然SMILE因機器非常昂貴，費用上相對高。

基於每個人的考量不同，手術選擇項目就不同。有人覺得經過一周或兩周後，兩者的視力恢復類似，所以選擇平價的Trans-PRK；有人不想忍受疼痛，所以選擇費用高但較不痛的SMILE；有人覺得廣告明星或網紅介紹什麼，自己就選甚麼；也有人雖信任醫師但也擔心人為的失誤機率，所以選擇搭配全自動導引零接觸(NASA)方式的Trans-PRK，希望減少接觸的機率；當然，這當中也有人覺得貴就是好，所以寧願選擇較貴的SMILE。其實，醫院的醫師都會與病人討論後，尊重每個人的選擇，所以有需要的民眾，建議先與自己主治醫師討論、檢查眼睛的健康狀態，以利找到適合自己的近視雷射術式。